在医药生产中，为了确保药品的均匀性和良好的流动性，将原料用一定的方法制作成颗粒(药丸、胶囊)，利用微波的热效应和比热效应进行低温干燥和杀菌处理，将微波的能量直接释放给药品，提高药品的内部温度，产生压力，加速被约束水分子转移，被处理物品中的水分逐步向外蒸发，此时微波烘干设备中再通以适当的热风，将蒸发出来的水分带走。传统的干燥灭菌方法可以解决临时问题，但热效率低、加热时间长、占地面积大，且不利于环保。同时，传统杀菌要在加压120℃的高温下，保温20~40分钟，而药品的药效和营养成分必将受到一定程度的破坏。
医药微波烘干设备是机械化、自动化代替人工作业十分重要的一环。最早烘干方式是自然风干，劳动强度大，而且受到自然因素的影响，导致医药干燥速度慢，周期长，生产能力不高，甚至因湿度大而出现霉变、变质等现象，导致中药材质量不稳定，存在一定的安全隐患。而微波技术加工的内外同时均匀渗透电磁波，产生热能，脱水更加均匀，不会发生外焦内生现象，保证医药材的质量安全。此外，该设备配有温湿度控制装置，可以控制中药的干燥温度和湿度。更重要的是，微波快速加热、快速干燥，缩短了药材的干燥时间，降低了药材功效成分的损失。
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